Przy wdrażaniu nowego systemu informacyjnego, jak zauważa Stoner (1994) może wystąpić wiele problemów. Ich występowanie jest prawdopodobne gdy nowy system :

• narusza istniejące granice między działami,
• zrywa nieformalny system komunikacji,
• istnieje opór ze strony przełożonych lub podwładnych.

Problemowe może być także, jak twierdzi Kubiak (1993) szacowanie korzyści wdrożenia nowego systemu. Dla ułatwienia spodziewane efekty grupuje się zazwyczaj następująco:

• oszczędności bezpośrednie, uzyskiwane przez zmniejszenie zatrudnienia, zmniejszenie kosztów administracyjnych, wprowadzenie nowych procedur gromadzenia i przesyłania danych,
• efekty mierzalne – np. przyspieszenie obiegu informacji przez komputeryzację,
• efekty niemierzalne – np. poprawa jakości informacji.